新燕园校区服务器使用说明

Hongwei ZhengZechen Hao2025/12/15大约 2 分钟

新燕园校区服务器使用说明

服务器信息

连接方式	计算软件	核数	地址+端口	账户密码
ssh	7v13 VASP	128	lab.zechennku.cn:8002	root@Lab6688!
todesk	打印机	N/A	280 695 536	Lab6688!
todesk	Win@MS		907 259 870	Lab6688!
MS gateway	linux@MS	128	lab.zechennku.cn:8004	-

VASP使用说明

#1.首先进入vasp的docker环境
docker exec -it ubuntu24 bash
#进入vasp目录
cd /ubuntu24/vasp
#创建自己的任务文件夹
mkdir task1
#创建INCAR POSCAR
.......
#创建POTCAR和KPOINTS
vaspkit ........
#执行任务
nohup mpirun -np <cores> vasp_std > out.log&
#例如
nohup mpirun -np 32 vasp_std > out.log&
#查看进度
tail -f out.log 或者 tail -f OUTCAR

vaspkit的基础功能可以用，自动画图的功能因为还没配置conda，所以暂时不能用。

如需要编辑vaspkit的配置文件
vim ~/.vaspkit

高斯

nohup g16 <task.gjf> > out.log&

使用说明

一、使用MS计算服务器：

桌面端MS：连接“本部（B122）”服务器，选择Gateway Location: My computer即可；
Linux端MS：连接8003服务器，选择Gateway Location: lab.zechennku.cn_8004即可，见下图

二、使用Gaussian计算服务器

桌面端Gaussian：连接“本部（B122）”服务器即可；

三、服务器是否空闲如何判断

8003：打开ServerBox，观察8002端口的CPU占用情况，99%即为满载运行，0%则为空闲
本部（B122）：打开任务管理器-性能，查看cpu占用。

归档内容

使用VASP计算服务器

建议联系管理员（郑宏伟，郝泽臣）后使用。
教程：

配置INCAR, KPOINTS, POSCAR, POTCAR四个文件（建议使用Vaspkit）
使用ServerBox连接8002服务器，使用SSH在服务器目录中建立计算文件夹，命令行如下：

cd /root/vasp/vasp_project #进入vasp计算文件存储目录
mkdir xxx #建立自己的文件夹，例如Hongwe

利用ServerBox上传以上四个文件至服务器地址/root/vasp/vasp_project/Hongwe

cd /root/vasp/vasp_project #进入vasp待计算文件存储目录

运行Vasp，命令行如下
不超过28核，

vasprun.sh <cores> <cpu num>

例如，在cpu0上跑28核：

vasprun.sh 28 0

超过28核，

vasprun.sh <cores>

例如，跑56核：

vasprun.sh 56

完成后，可下载相应结果文件，利用Vaspkit进行分析、绘图。

注：结构弛豫计算、能带及态密度计算可参考b站教程

https://www.bilibili.com/video/BV1eu411P7ts/?spm_id_from=333.788.videopod.sections&vd_source=ad91bb445594cd84e3bfe9f7a9eba8f3

Vaspkit的使用可参考b站教程：

https://www.bilibili.com/video/BV17J411i78D/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=ad91bb445594cd84e3bfe9f7a9eba8f3